V prírodných kúpaliskách sú to najmä sinice - drobné mikroskopické organizmy produkujúce toxíny, ktoré u citlivých jedincov a u detí môžu vyvolávať alergické reakcie. Symptómy sa prejavujú od ľahkých akútnych črevných a žalúdočných problémov, cez bolesti hlavy, dýchacie problémy, kožné vyrážky a zápaly očných spojiviek až po vážnejšie poškodenia pečene.
Vo vodách na umelých kúpaliskách sa môžu vyskytovať baktérie, vírusy, huby, plesne a améby. Baktérie rodu Salmonella a Shigella sú pôvodcami ťažkých hnačkových ochorení ako salmonelóza a dyzentéria a môžu sa prenášať aj vodnou cestou. Stafylokoky môžu zas spôsobovať zápaly kože a dýchacích ciest. Z vírusových ochorení hrozia kúpajúcim sa najmä horúčkové ochorenia spôsobené vírusmi. Huby a plesne spôsobujú kožné infekcie najmä medzi prstami rúk a nôh. Améby predstavujú pre človeka riziko v bazénoch s termálnou vodou. Jednou z najnebezpečnejších je Naegleria fowleri, ktorá spôsobuje zápaly mozgu a mozgových blán. Ochorenie sa môže skončiť fatálne.
Odborníci z Úradu verejného zdravotníctva SR odporúčajú predísť týmto infekciám dodržiavaním niekoľkých zásad, medzi ktoré patrí nevstupovať do neznámej stojatej či tečúcej vody, nekúpať sa vo vodách s veľkou koncentráciou vodných vtákov, nevstupovať do zelenej vody, ktorú sfarbili premnožené sinice a riasy, alebo sa na hladine nachádza vodný kvet a po každom kúpaní sa dôkladne osprchovať.
Dohľad nad kvalitou vôd realizuje Úrad verejného zdravotníctva SR, ktorý ročne kontroluje vyše 180 umelých a 70 prírodných kúpalísk.
