Odborníci však upozorňujú, že nie všetky bežne používané probiotické kmene sú odolné voči širokej škále antibiotík. Pacienti by si preto v prípade ich užívania mali od lekára či lekárnika pýtať probiotikum odolné voči danému lieku.
Ako konštatoval Libor Ebringer z Prírodovedeckej fakulty Univerzity Komenského v Bratislave, probiotiká posilňujú zdravie a majú preukázateľne pozitívny účinok. Objasnil, že rovnako majú pozitívny dopad na človeka aj prebiotiká, nestráviteľné zložky potravy, ktoré stimulujú rast a aktivitu probiotických baktérií. Podľa jeho slov za probiotickú potravinu možno považovať napríklad pravú slovenskú bryndzu, keďže na jej tvorbe sa podieľa asi 20 druhov mliečnych baktérií a kvasiniek.
Črevná hnačka či užívanie antibiotík môže byť hlavným dôvodom narušenia črevného prostredia, ktoré môže znížiť výskyt užitočných probiotických baktérií, a tým oslabiť schopnosť organizmu brániť sa voči parazitom. Nepriaznivú situáciu možno vyvažovať práve užívaním probiotík. Probiotické baktérie pomáhajú udržiavať rovnováhu medzi veľkým množstvom najrôznejších baktérií v tráviacom trakte. Pozitívne zmeny črevného prostredia sa môžu prejaviť aj zlepšením prejavov vyvolaných na iných miestach, ako sú napríklad afty či kožné alergie.
Pôvodne sa probiotiká získavali z mliečnych výrobkov. Nachádzajú sa prirodzene v mlieku a nepasterizovaných výrobkoch z mlieka ako syry, jogurt, kefír, bryndza či žinčica. V súčasnosti sa však mliečne výrobky pasterizujú, aby neboli zdrojom nákazy. Tým sa v nich usmrtia aj probiotické mikroorganizmy. Preto sa probiotiká pridávajú do mliečnych výrobkov umelo.
