Princípom očkovania je naučiť imunitu, aby začala telo brániť. Robí sa to však spôsobom, pri ktorom organizmu prakticky nehrozí skutočné nebezpečenstvo. Vakcíny obsahujú antigény, ktoré simulujú domnelý útok baktérií či vírusov na telo. Práve na tieto antigény, teda látky, ktoré vyvolávajú imunitnú reakciu tela, obrana zareaguje.
Antigény sú zvyčajne rôzne bielkoviny a polysacharidy (veľké komplexné molekuly zložené z cukrov). Tvoria ich napríklad časti baktérií či vírusov. Môžu nimi však byť aj ďalšie látky, napríklad peľ rastlín, ktorý vyvolá alergickú reakciu.
Očkovanie funguje proti takým mikróbom či vírusom, proti ktorému dokážeme imunitný systém naučiť brániť sa. Teda dokážeme vytvoriť taký antigén, proti ktorému nasleduje imunitná reakcia a telo si túto stratégiu obrany dokáže zapamätať.
Vzhľadom na kontroverziu, ktorú pri téme vyvolávajú zástancovia slobody v očkovaní, existuje špeciálna podstránka SME ktorá je venovaná výhradne očkovaniu.
